故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾

时值二战时期，一心希望参战却遭到母亲阻止的丹尼在叔叔的租房打工的时候认识一位木偶师，木偶师拥有让木偶自己动起来的神奇力量。而纳粹也看中了这种力量想夺为己用。好心的丹尼把木偶们带回在唐人街的自己家里修理